周兴死后，武皇并未立即诛杀来俊臣。来俊臣对武皇素来死心塌地，在她登上皇位的过程中建功殊勋。倘若仓促将他除掉，必然会使朝中亲信受到惊吓。另外，来俊臣正处于文昌左相武承嗣的卵翼之下，受到他的护佑，即便武皇有心将他除灭，亦非易事。
继承人的选择是在武皇政治生涯中困扰她多年的事情。在称帝之初，武家子孙武承嗣、武三思就上下活动，请求武皇立自己皇位继承人。天授二年(691年)九月，在武皇的侄子魏王武承嗣的授意下，凤阁舍人张嘉福指使王庆之率数百人上表，请立武承嗣为太子。武皇不许，王庆之以死泣请。武皇给印纸一张作出人证，让他走开，以后王庆之多次求见专言此事。武皇震怒，命凤阁侍郎李昭德赐杖。李昭德引王庆之出光顺门，立即杖杀，余党散去。之后，李昭德、狄仁杰都劝武皇立亲子为太子，无人再敢为武承嗣等求乞。
武皇听取了狄仁杰的谏议，严禁罗织之风，责令即日清理旧狱，平反了大量冤案，从酷吏手中救下八百多位将死之人。朝廷的政治空气一下让人有了沁人肺腑之感，而不是先前的令人窒息了。
有人诬告李旦谋反，李旦的下人自剖其胸，以证李旦既无反实，又无反意。武皇深受感动，并深深遣责了自己的轻信。