未来世界由金木水火土五个不同属性的大城市所组成。一夜，三颗殒石突然坠落地球，从那一天开始，男主人公延羽的父亲延博士以及其中两颗殒石消失不见。当外面的人都质疑延博士的时候，延羽坚信自己的父亲一定会再次回来，告诉自已事情的真相。
一天晚上，一个自称为延博士助手的李研究员突然出现，道出延博士失踪的这一年来，是被意欲统治世界的邪灵组织捉走并强制延博士进行神秘殒石的研究。眼看殒石可研发出足以毁坏世界的机甲战车，李研究员逃出并且将研究成果，可召唤出金属性光辉剑神的基因手镯及召唤器交给延羽。就在此时，邪灵兵驾驶着蚂蚁机甲追杀到，在危急时刻，延羽利用召唤器召唤出光辉剑神，保护了李研究员与母亲。延羽见识到光辉剑神的厉害，决定利用光辉剑神去救出父亲延博士，却不料延博士为了破坏邪恶的殒石，已安装了引爆装置决定与邪灵组织同归于尽。在延羽历经辛苦终于摆脱蚂蚁机甲的阻拦，到达实验室之时，研究室却在眼前爆炸。