江海军区批准了凤凰山基地的联合作战训练模型“越过海洋”，并要求凤凰山基地尽快完成对这一模型的测试和调试，完善有关软件，准备容纳部队训练。在调试过程中，使用先进武器装备和先进训练手段之后的训练管理问题日渐突出，郭长庆等人在现代军事素养方面的差距日益明显，他试图通过一些捷径来弥补差距，结果只能是走上弄虚作假的道路。江永良好心给他补课，反被看作是有意拆台、居心叵测、抢班夺权，两人间暴发了激烈的冲突。郭长庆进行权力操作，企图逐走江永良，受到了军区领导的严厉批评。
孔令光回国后，鼓起勇气，向田梦虹表达爱意，被田梦虹婉言拒绝。不久，孔令光调至某部空中特勤大队任大队长，在执行驱逐侵入我国领空的外国战机的任务时发生意外，飞机坠入大海。江永良带领基地船队配合海军全力搜索，也没有发现孔令光的踪影。田梦虹深感内疚，她不顾江永良的劝解，远走它乡。
江海军区领导忽然来到凤凰山基地，考核基地领导班子，郭长庆等一批军官因多项考核分数不及格而被免去了职务，江永良被任命为基地司令。江永良修改联合作战训练模型，删除了团和排两个节点，以提高指挥效率和反应速度。此举引来了很大的争议。许多人向罗怀中告状，各方面领导也十分关注这一信息，罗怀中表示既然已经把凤凰山基地定性为“特区”，就应该允许进行各种实验。
黄铁桂被开释后，认识到了自己的错误，主动来基地道歉。江永良通过田梦虹，设法替他找回了老婆。黄铁桂感激万分。凤凰山基地以此为契机，恢复了同云西村的良好关系。